ห้องปฎิบัติการเป็นอีกหนึ่งความสำคัญของ บริษัท ฟาร์มาเทค จำกัด ในการควบคุมคุณภาพผลิตภัณฑ์ทางบริษัทฯ ได้ให้ความสำคัญต่อการออกแบบ ห้องปฎิบัติการแต่ละห้องให้สามารถปฎิบัติการ เพื่อให้เหมาะสมกับงานทดสอบ มีเครื่องมือที่มีความทันสมัย เช่น เครื่อง Ultra High Performance liquid Chromatography (U-HPLC) เครื่อง Automatic Titrator เครื่อง Fourier Transform Infrared Spectroscpy (FT-IR), เครื่อง UV Spectrophotometry เป็นต้น

โดยเครื่องมือและอุปกรณ์ทั้งหมดได้มีการควบคุมมาตรฐาน ได้รับการสอบเทียบและทดสอบประสิทธิภาพการใช้งานตามระยะเวลาอย่างเหมาะสม จากหน่วยงานภายในและหน่วยงานภายนอก ทำให้ได้ผลการวัดที่มีความถูกต้องแม่นยำและมีความเที่ยงตรง

ฝ่ายควบคุมคุณภาพ (เคมี) ดำเนินงานเกี่ยวกับงานทดสอบทางกายภาพ และเคมี ของวัตถุดิบ ผลิตภัณฑ์ระหว่างกระบวนการผลิต และผลิตภัณฑ์สำเร็จรูปเพื่อให้ผลิตภัณฑ์เป็นไปตามข้อกำหนดมาตรฐาน

ฝ่ายควบคุมคุณภาพ (จุลชีวิทยา) ดำเนินงานเกี่ยวกับงานทดสอบจุลชีวิทยาในผลิตภัณฑ์ยารักษาสัตว์ เช่น การตรวจสอบการปนเปื้อนทางจุลชีวะ (Microbial Limit Test), การทดสอบความแรง (Potency) ของยาปฏิชีวนะ (Microbial Assay) เป็นต้น